引言段、说明段和审计意见段，以及编制基础及使用限制段是审计报告重要部分。
专项审计报告的引言段会说明申报企业的名称以及具体审计对象，是对研究开发费用或者是高新技术产品（服务）收入明细表进行的审计。
说明段会摆出发表审计意见段的理由。涉及出具非无保留意见的专项审计报告时，注册会计师应当在注册会计师的责任段之后、审计意见段之前增加说明段，详细表明导致发表保留意见、否定意见或无法发表意见的所有原因，并在可能的情况下，注册会计师会指出其对研究开发费用或者高新技术产品（服务）收入明细表的影响程度；该说明段有时也会以“强调事项”形式出现在“审计意见段”之后，反映一些重大不确定性事项，只是增加专项审计报告的信息含量，提高专项审计报告的有用性，不影响发表的审计意见。
编制基础及使用限制段是表明审计报告使用用途的，比如，高新技术企业认定申请用的审计报告，会在这段文字当中明确表明“专项审计报告仅供申报企业申报高新技术企业认定时使用，不得用于其他目的”类似表述。
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